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家畜保健衛生所は、都道府県の必置機関であり、全都道府県に167カ所設置されています。畜産振興のため、地域における家畜衛生の向上を担っており、家畜の伝染病予防に関する事務や、家畜疾病の診断、飼養衛生管理の指導などを行っています。各県によって職員の構成は異なりますが、獣医師免許を有した都道府県知事から任命される「家畜防疫員」を主として構成される組織です。